Отделението по перкутанно лъчелечение е разположено в новия Лъчетерапевтичен комплекс в двора на болницата, построен по оперативна програма на ЕС. Официалното откриване бе на 15 ноември 2015 г. с въвеждане в експлоатация на 2 конвенционални линейни ускорителя и единствения засега специализиран за хеликална томотерапия, КТ и МРТ с топла връзка към основната сграда на болницата. В Отделението се осъществява цялостната консултативна дейност на Клиниката, скениране на болните на КТ и очертаване на обемите (анатомотопографско планиране), провеждане и проследяване на болните в хода на перкутанното лъчеление. Всички лекари и физици на Клиниката участват в цялостния процес на диагностичните и терапевтични уредби в Отделението по перкутанно лъчелечение. Терапевтичните документи с данни от параметрите на облъчване се съхраняват в богатия архив на Отделението по години и локализации на туморния процес.